約500万年前の富士五湖は海の底でした。
現在の富士川も海の底で甲府盆地まで富士川海峡が侵入しています。桂川海峡は現在の東京まで海続き。

約70万〜20万年前、小御岳火山と愛鷹火山が活動をはじめ、東に東小御岳川、西に西小御岳川がありました。

古富士火山の活動に伴い、東に宇津湖（現在の山中湖・忍野八湖）、北に古せの湖（せのうみ：現在の河口湖・西湖・精進湖・本栖湖）ができました。
両湖とも古富士火山の規模から現在より富士山に近い場所にありました。

さらなる古富士火山の活動に伴い、東に宇津湖（現在の山中湖・忍野八湖）、北に古河口湖と古せの湖（現在の西湖・精進湖・本栖湖）となりました。

古せの湖を残して他の三湖（古明見湖を含む古河口湖と宇津湖）は干上がり消滅しました。

新富士火山の度重なる活動により川に熔岩が流れ込み河口湖が、古せの湖に流れ込んだ熔岩は本栖湖を誕生させた。

西暦864年の青木ヶ原溶岩流はせの湖を分断し、西湖と精進湖になった。
西暦937年の鷹丸尾溶岩流は川をせき止め山中湖を誕生させた。

約1707年の宝永の噴火以来、富士山は活動を停止している。
そして、富士五湖は約1千年間、現在の状態を保っている。